Ботаничката градина на Природно-математичкиот факултет во Скопје организационо припаѓа кон Ботаничкиот завод на Институтот за биологија. На површина од 11 хектари растат околу 400 дрвја и грмушки. Таа располага со три стакленици, еден ладилник и објект за аклиматизација на ретки и ендемични видови од македонската флора. Активностите околу нејзиното формирање се започнати во 1948 година, а во 1951 година е започнато со оградување на просторот од околу 14 хектари. При нејзиното формирање биле консултирани врвни познавачи од просторите на поранешна Југославија, така што ботаничката градина за релативно краток период почнала да прераснува во објект со своја препознатлива физиономија. Последните две декади Ботаничката градина се наоѓаше во прилично лоша состојба поради недостиг од финансиски и човечки ресурси. Во периодот 2017-2023 година беа реконструирани стакленикот и управната зграда на Ботаничката градина, објектот за аклиматизација на ретки и ендемични растенијa, малиот стакленик. Дополнително беа изградени летна училница за воннаставни едукативни активности и објект за лековити, зачински и ароматични растенија. Тековниот и идниот развој на Ботаничката градина се согласно со Стратегискиот план за развој на Ботаничката градина во Скопје од 2018-2024 година. Во Ботаничката градина се одгледуваат автохтони и алохтони растенија за потребите на наставнообразовниот процес, научноистражувачката дејност и заштита на биолошката разновидност. Во последните години Ботаничката градина е вклучена во реализација на воннаставни активности за учениците од основните и средните училишта. Визијата на Ботаничката градина: „Македонија ефикасно го чува своето растително богатство преку развивање на научните и образовните потенцијали.“ Мисија: „Ботаничката градина на ПМФ учествува во конзервација на растителниот свет, ја промовира биолошката едукација и овозможува научни и апликативни истражувања во соработка со други ботанички центри.“ Вредности: научен потенцијал, просторни можности, традиција, единствена ботаничка градина во Македонија, потенцијал од студенти и млади истражувачи.